Con los educados en Roma que ya estaban de vuelta en la Capital, se dio al Colegio Clerical de S. Joaquín nuevo impulso y una organización conforme a los proyectos meditados y madurados por el P. Plancarte que había sido nombrado su Rector.
Quiso el nuevo Arzobispo de México resucitar la antigua Universidad Pontificia, clausurada hacía muchos años por el Gobierno, y escribió a la S. Sede solicitando las necesarias facultades.
En Roma pidieron las constituciones con que querían que fuera regido ese centro docente, el Sr. Arzobispo Dn. Próspero María Alarcón nombró una comisión que conocedora de los deseos de la Congregación de Estudios, formara unas constituciones universitarias que pudieran fácilmente recibir la aprobación de la S. Sede y no fueran impracticables en nuestro país. Formaron esa comisión, el Dr. Francisco Plancarte y Navarrete, el Dr. Juan de Jesús Herrera y Piña y el Dr. Leopoldo Ruiz y Flores; los tres habían sido enviados a Roma directamente por el P. Plancarte, y eran sus adictos colaboradores en sus planes de reforma. Tomando por base las de la Universidad en que habían hecho sus estudios, y adaptándolas en lo posible a las circunstancias de México, fueron aprobadas.